开展集装箱运输需要一系列新的设施与设备，这都需要有大量资金投入。如港口，需要投资装备集装箱桥吊、跨运车、轮胎式龙门吊等机械，需要专门铺设集装箱场地；铁路运输需要投资集装箱车皮，能装卸集装箱的办理站；公路运输需投资集装箱卡车，能处理集装箱的公路中转站等。集装箱运输有哪些缺陷？
1、集装箱运输需要大量的初始投资
开展集装箱运输需要一系列新的设施与设备，这都需要有大量资金投入。如港口，需要投资装备集装箱桥吊、跨运车、轮胎式龙门吊等机械，需要专门铺设集装箱场地；铁路运输需要投资集装箱车皮，能装卸集装箱的办理站；公路运输需投资集装箱卡车，能处理集装箱的公路中转站等。而且各种运输方式的投资还必须配套，集装箱运输是一种多式联运，只在一种运输方式上配备了必要的设备，还是无法形成完整的运输能力，这就需要非常大的初始投资。
2、建立新的管理体制、形成新的管理人员队伍
集装箱运输在信息管理、箱务管理、堆场管理、装卸运输管理、机械设备管理、单证报表管理等方面有全新的理念和方法，必须形成新的管理体制，建立新的管理理念，形成新的管理队伍。这些目标都不是一蹴而就的，需要有相当时间的积累。
3、增加了一些潜在的不安全因素
第一，全集装箱船常有三分之一有时高达二分之一、的集装箱装在甲板上，这样就提高了船舶的重心，降低了稳性。同时甲板上的堆箱，会影响驾驶台的视线，还影响消防通道的畅通。
第二，全集装箱船为使箱子入舱，其舱口必须大于普通货轮，这使得集装箱船与普通货船相比，在抗纵向变形的能力方面减弱许多。
第三，货物装箱铅封后，在途中无法知道箱内货物的状态。如果在装箱时处置不妥，用集装箱运输方式，途中就没有任何得到纠正的机会，由此可能导致发生比件杂货运输方式更严重的货损。
